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荧光相关光谱学（FCS）通过测量亚飞升体积内荧光强度的波动来检测扩散时间、分子数量或荧光标记分子的暗态等参数。这项技术是在20世纪70年代初期由瓦特·韦伯（Watt Webb）和鲁道夫·里格勒（Rudolf Rigler）独立开发的。

在生物医学应用中，共聚焦显微镜的完美光源它应该有足够的强度，可调谐的波长，以便同时激发一系列样品。此外，它应该成为荧光寿命实验的脉冲光源。这样的光源已经出现：白激光。它采用高能脉冲红外光纤激光器经过光子晶体光纤以产生连续光谱。通过声光调制滤片从该连续光谱中选择窄带激光。

共聚焦显微镜用于光学切片比较厚的样本。最直接的问题是：1. 什么是“比较厚的样本”；2. 光学切片到底有多厚？这两个问题在一定程度上是相关的，即假设一份厚样本至少比光学切片厚10倍。